Jan Ptaśnik urodził się 15 stycznia 1876 r. w podbocheńskich Mikluszowicach. Pochodził z chłopskiej rodzi Marcina Ptaśnika i Anny z Sadulskich.
Ukończył szkołę ludową w rodzinnych Mikluszowicach po czym rozpoczął edukację w bocheńskim gimnazjum. Maturę zdał w 1896 r. Decyzją matki miał być przeznaczony do stanu duchownego i po zakończonej maturze wstąpić do seminarium. W Bochni trafił jednak na ówczesnego znakomitego historyka Jana Bryla, który zafascynował go swoją dziedziną nauki. Zresztą nie tylko jego, ale również dwóch przyjaciół Ptaśnika: 2 lata młodszego Kazimierza Kaczmarczyka i rok starszego Franciszka Bujaka. Cała trójka w przyszłości stała się wybitnymi historykami, profesorami czołowych polskich uczelni i promotorami plejady najważniejszych historyków XX wieku.
We wspomnieniach Franciszek Bujak wspomina, że Jan Ptaśnik nie robił wrażenia uzdolnionego (pod względem naukowym), ale posiadał silny charakter, odwagę, zaciętość i zamiłowanie do sportu.
Jan Ptaśnik był zaangażowanym uczestnikiem patriotycznej działalności nielegalnie organizowanej wśród gimnazjalnej młodzieży. Należał m.in. do zarządu powołanego w 1894 r. nielegalnego kółka samokształceniowego „Przebudzeni”. Tak wspominał je prof. Bujak:
dzieliła się ona na piątki, a przewodniczył jej uczeń Migdał ps. „Smolka”. Należeli do niej późniejsi wybitni działacze Stowarzyszenia Bochniaków Adam Zechenter Władysław Kiernik, Karol Frycz oraz Jan Ptaśnik ps. „Kowal” i Franciszek Niewolak. „Przebudzeni” prowadzili intensywne samokształcenie, uprawiali sport, a zwłaszcza gimnastykę i szermierkę, urządzali wycieczki krajoznawcze.
W 1895 r. Jan Ptaśnik w swoich rodzinnych Mikluszowicach założył i rozwinął siostrzane wobec „Przebudzonych” tajne stowarzyszenie „Straż Matki Boskiej”, urządzając wśród swych rówieśników pogadanki i doroczne nabożeństwa patriotyczne – pierwsze w setną rocznicę III rozbioru Polski.
Wiosną 1895 r. do „Przebudzonych” Ptaśnik wtajemniczył swojego wieloletniego przyjaciela Kazimierza Kaczmarczyka (mieszkali wtedy wspólnie na stancji u p. Ślizowskiej w domu przy ul. Sądeckiej. Tak prof. Kaczmarczyk wspominał po latach:
Na wiosnę 1895 r. wtajemniczył mnie Ptaśnik w sprawy „Przebudzonych”, zorganizowałem
piątkę, złożoną ze mnie jako kierownika (pseudonim „Żmija”), Józefa Stokłosy, późniejszego radcy w Ministerstwie Handlu i Przemysłu, Stanisława Wiśniewskiego, późn. profesora filologii w gimnazjum, znacznie później dobranego Jana Stokłosy, późniejszego nauczyciela przyrody w gimnazjum w Bochni, piątego zaś nie pomnę, może był to kolega Teofil Konieczny, później urzędnik kolejowy lub Wojciech Matus, później nauczyciel filologii w gimnazjum, poległy pod Lublinem w 1914 r. Zbieraliśmy się u mnie na stancji lub poza miastem, przeważnie na Krzęczkowie. W maju 1895 r. złożyliśmy przysięgę ścisłej tajemnicy w ręce Ptaśnika, jako członka zarządu, późnym wieczorem w lasku na Uzborni.Po zdaniu matury z wyróżnieniem rozpoczął studia na Wydziale Prawa Uniwersytetu Jagiellońskiego, ale już po roku dalszą naukę kontynuował na wydziale Filozoficznym UJ na kierunku historia i geografia. Będąc prymusem z zajęć z paleografii i dyplomatyki u prof. Krzyżanowskiego odbył praktykę aplikancką w kierowanym przez niego Archiwum Akt Dawnych Miasta Krakowa, gdzie prawdopodobnie po raz pierwszy tak blisko zetknął się z najstarszymi dokumentami dawnej stolicy. W ramach stypendium Akademii Umiejętności u prof. Bolesława Ulanowskiego kształcił się z edytorstwa źródeł średniowiecznych. Próbował rozwijać jeszcze kilka innych zainteresowań historycznych, m.in. związanych z historią sztuki (seminarium prof. Mariana Sokołowskiego) czy etnografią (publikowana praca seminaryjna „Podania i wierzenia kaszubskie a nasze„). Jednak bliska współpraca z prof. Stanisławem Krzyżanowskim jednoznacznie skierowała jego kroki w kierunku głównego obszaru zainteresowań: historia kultury Krakowa oraz dzieje miast od średniowiecza do rozbiorów. W tym czasie prof. Krzyżanowski założył słynne, do dziś prężnie działające Towarzystwo Miłośników Historii i Zabytków Krakowa. Jan Ptaśnik od samego początku był członkiem Towarzystwa, działając w wydziale kierowanym przez Krzyżanowskiego. W latach 1907-1908 pełnił rolę podskarbiego Towarzystwa, a od 1912 do 1919 r. redaktora serii wydawniczej „Biblioteka Krakowska”.
Na studiach odznaczał się bardzo dużym zaangażowanie w pracę naukową. Był prezesem Koła Historycznego UJ, jeszcze jako student opublikował dwa bardzo obszerne i wnikliwe artykułu naukowe: „Z życia uczniów krakowskich w XV i XVI wieku” (zamieszczony w wydanej na jubileusz uczelni „Księdze pamiątkowej uczniów UJ” – której zresztą był głównym redaktorem) oraz „Obrazki z życia żaków krakowskich w XV i XVI wieku” („Biblioteka Krakowska” nr 15). Oba artykuły w 1931 r. zostały wydane wspólnie jako publikacja „Życie żaków krakowskich” wznawiana po II wojnie światowej i przez dekady będąca ważnym, bardzo często cytowanym źródłem wiedzy.
Po zakończeniu aplikantury w archiwum Krzyżanowskiego Jan Ptaśnik został głównym stypendystą Seminarium Historycznego UJ, którym przed nim był… Franciszek Bujak. Z kolei współtwórca „krakowskiej szkoły historycznej” – prof. Stanisław Smolka pozwolił mu uzyskać i przez 3 lata pobierać prestiżowe stypendium im. Józefa Szujskiego.
Po złożeniu państwowego egzaminu nauczycielskiego z historii i geografii (1901 r.) Jan Ptaśnik rozpoczął pracę edukacyjną. Najpierw jako zastępca nauczyciela w Gimnazjum im. Sobieskiego w Krakowie, a od września 1902 r. jako nauczyciel w Gimnazjum w Przemyślu. Cały czas prowadził jednak badania historyczne. W 1902 r. opublikował „Szczegóły archiwalne do dziejów kulturalnych Krakowa z lat 1501-1524”, a następnie skupił się na badaniach dotyczących początków słynnego krakowskiego rodu Bonarów, który to stał się tematem jego przewodu doktorskiego u prof. Zakrzewskiego. Po złożeniu stosownych rygorozum i pracy „Pierwszy Bonar, czyli początek magnackiej rodziny w Polsce w wieku XVI” 8 lipca 1903 r. uzyskał na Uniwersytecie Jagiellońskim promocję na doktora nauk filozoficznych.
Jesienią 1903 r., z inicjatywy prof. Bolesława Ulanowskiego, sekretarza Akademii Umiejętności, dr Jan Ptaśnik został skierowany do prac w ekspedycji naukowej badającej poloniki w zbiorach Archiwum Watykańskiego. Bardzo szybko stał się liderem naukowym polskiej misji w Watykanie, jednocześnie w 1904 r. podejmując w Rzymie studia z historii sztuki i archeologii na prestiżowym Niemieckim Instytucie Archeologicznym pod kierunkiem prof. Christiana Hülsena. To był znaczący przełom w karierze naukowej Ptaśnika. W kolejnych latach publikował liczne opracowania monograficzne dotyczące stosunków Polski z Kurią Rzymską w średniowieczu oraz wspływów kultury włoskiej na rozwój społeczeństwa średniowiecznego Krakowa. Jako pierwszy zebrał o pracował watykańską polonikę w trzytomowym dziele „Monumenta Poloniae Vaticana”. Te opracowania do dzisiaj są kluczowymi opracowaniami źródłowymi dla badaczy historii „włoskiego Krakowa” i dawnych relacji polsko-watykańskich.
W międzyczasie toczyła się jego kariera dydaktyczna, przerywana udzielanymi przez Radę Szkolną Krajową urlopami na badania i studia w Rzymie. Dla ułatwienia pracy naukowej został już po niespełna roku przeniesiony z Przemyśla do Szkoły Realnej w Krakowie, gdzie uczył do 1916 r. W tym czasie otworzył przewód habilitacyjny bardzo obszerną pracą „Z dziejów kultury włoskiego Krakowa”. 3 września 1907 r., decyzją Ministerstwa Wyznań i Oświaty w Wiedniu, zaakceptowana została decyzja o przyznaniu 31-letniemu Ptaśnikowi habilitacji z zakresu historii cywilizacji polskiej i zachodnioeuropejskiej. Ten tytuł de facto napędził jeszcze bardziej tempo badań Ptaśnika. Kolejne liczne i cenione publikacje monograficzne, działalność w Komisjach Akademii Umiejętności, wykłady na Uniwersytecie Jagiellońskim, podejmowane w Polsce i Europie Zachodniej badania archiwalne i inne liczne aktywności poskutkowały już po nieco dwóch latach, 21 stycznia 1910 r., Rada Wydziału Filozoficznego UJ podjęła uchwałę o nadaniu Ptaśnikowi tytułu profesora nadzwyczajnego. 11 maja uchwała ta otrzymała sankcję cesarską, która ograniczyła profesurę do tytularnej, a nie etatowej. Uniwersytet Jagielloński przez kolejne lata starał się rozszerzyć tę decyzję i pozyskać dla prof. Ptaśnika własną katedrę, jednak nie końca Wielkiej Wojny i upadku austriackiego zaboru wszystkie próby pozostawały bezskuteczne.
Decyzja administracji cesarskiej nie podcięła mu skrzydeł, a nawet wręcz przeciwnie – zmobilizowała do dalszych badań coraz częściej wykraczających poza polskie i włoskie archiwa. Po 1910 r. wielokrotnie podróżował w celach badawczych do archiwów w Norymbergii, Brukseli czy Londynu – gdzie jako pierwszy polski badacz tak wnikliwie prowadził kwerendy dotyczące stosunków handlowych Krakowa z Anglią czy Flandrią. W 1913 r. prowadził kwerendy Akademii Umiejętności dotyczące poloników we wszystkich głównych archiwach węgierskich skupiając się na dokumentach od XIII do XVIII wieku, szczególnie dotyczących kontaktów handlowych polsko-węgierskich. Podczas tych badań i wydawanych później opracowań wielokrotnie nawiązywał także do kupieckich relacji miast węgierskich z Bochnią.
Podczas pracy uniwersyteckiej nie osłabły jego niepodległościowe zapały. W 1913 r. Jan Ptaśnik wspólnie z Franciszkiem Bujakiem wstąpili do Polskich Drużyn Strzeleckich, a rok później próbowali powołać Związek Polskiej Inteligencji Ludowej – niestety nieskutecznie. Po wybuchu wojny i uformowaniu Legionów został komisarzem cywilnym Naczelnego Komitetu Narodowego przy sztabie 2 pułku Legionów. W listopadzie 1914 r. ewakuowany z Krakowa do Brna, a później Pragi. Z początkiem 1915 r. powrócił do Krakowa i kontynuował prace badawcze. Został członkiem Ligi Niezawisłości Polski związanej ze środowiskiem Józefa Piłsudskiego. Od 17 maja 1918 r. został członkiem korespondentem Wydziału Historyczno-Filozoficznego Akademii Umiejętności, którym był aż do awansu na członka czynnego Polskiej Akademii Umiejętności w czerwcu 1929 r.
Po odzyskaniu przez Polkę niepodległości Jana Ptaśnik został członkiem Komisji Rewindykacyjnej odzyskującej polskie zabytki z austriackich archiwów i muzeów państwowych. W wolnej Polsce władze Uniwersytetu Jagiellońskiego ponownie wystąpiły o awans naukowy dla prof. Ptaśnika, wnioskując o przyznanie mu Katedry Historii Kultury z profesurą zwyczajną. Ku zaskoczeniu całego krakowskiego środowiska naukowego władze w Warszawie przyznały mu jedynie profesurę nadzwyczajną historii kultury UJ. Ta decyzja mocno zraziła Ptaśnika, a władzom UJ zablokowała na jakiś czas ponowne wnioskowanie o profesurę zwyczajną dla tak zasłużonego dla uczelni profesora. Sytuację tę wykorzystał prof. Stanisław Zakrzewski, dziekan Wydziału Filozoficznego Uniwersytetu Lwowskiego, który ściągnął do Lwowa Ptaśnika. We Lwowie uzyskał nominację na profesora zwyczajnego historii średniowiecznej powszechnej i nauk pomocniczych historii obejmując katedrę wiosną 1920 r. We Lwowie znaczącej zmianie uległ główny obszar badawczy prof. Ptaśnika. Zajął się nowożytnią historią Lwowa, a także dziejami dawnej książki polskiej wydając „Monumenta Poloniae typographica XV et XVI saeculorum” dając początek polskim badaniom rodzimej literatury dawnej. W 1924 r. Ptaśnik został dziekanem Wydziału Filozoficznego Uniwersytetu Lwowskiego, a także nowoutworzonego Wydziału Humanistycznego.
Prof. Jan Ptaśnik jest wybitnie zasłużony dla współczesnych nauk historycznych. Nie tylko podłożył podwaliny pod liczne, nigdy wcześniej nie poruszane obszary badawcze, w których do dzisiaj jego opracowania stanowią podstawę dla badaczy, ale też wykształcił licznych wybitnych historyków zarówno w Krakowie (Władysław Baran, Jan Dąbrowski, Kazimierz Dobrowolski, Roman Grodecki), jak i we Lwowie (Łucja Charewiczowa, Anna Jędrzejowska, Karol Maleczyński, Wanda Pauli, Józef Seruga, Józef Skoczek, Zygmunt Wojciechowski czy Józef Zieliński).
Dzięki swojej przyjaźni z profesorem Bujakiem pozostał wierny związkom z Bochnią, regularnie uczestniczył w ciągnących się przy okazji zjazdów gimnazjalnych dyskusjach nad powołaniem organizacji zrzeszającej absolwentów bocheńskiego gimnazjum. Zarówno w Krakowie, jak i we Lwowie kształcił absolwentów swojej Alma Mater, m.in. prof. Romana Grodeckiego i dr. Józefa Serugę.
26 lipca 1925 r. prof. Ptaśnik ożenił się z Zofią Małachowską, z którą miał syna Mieczysława – również historyka, asystenta UJ, dyrektora Zarządu Muzeów i Ochrony Zabytków w Ministerstwie Kultury i Sztuki i dyrektora Centralnego Biura Wystaw Artystycznych „Zachęta” w Warszawie.
Zmarł nagle w wieku 54 lat we Lwowie 22 lutego 1930 r. po operacji kamicy żółciowej. Pochowany we Lwowie, a następnie w Zawadowie koło Jaworowa – w rodzinnych grobowcu żony.
Staraniem Stowarzyszenia Bochniaków i Miłośników Ziemi Bocheńskiej pamięć o nim została upamiętniona ulicą w Bochni (boczna od ul. Proszowskiej). Prof. Jan Ptaśnik jest również utrwalony w dwóch wystawach: „Wybitni absolwenci bocheńskiego gimnazjum i liceum” zwieńczonej publikacją „Siła Przyciągania” oraz „Kariery chłopskich synów” zwieńczonej publikacją pod tym samym tytułem wydaną wspólnie z Muzeum Niepodległości w Warszawie.
