Jan Krystyn Pinowski urodził się w 1930 roku w Krakowie. Po wojnie mieszkał w Bochni, gdzie zdawał maturę. W latach 1949–1952 studiował biologię na Uniwersytecie Jagiellońskim, a magisterium z zoologii uzyskał na Uniwersytecie Warszawskim.
Od 1954 do 2000 roku pracował w Instytucie Ekologii PAN. Doktoryzował się (1959) i habilitował (1968) na Uniwersytecie Warszawskim, tytuł profesora zwyczajnego otrzymał w 1989 roku.
W ramach Międzynarodowego Programu Biologicznego był inicjatorem i koordynatorem badań nad rolą ptaków ziarnojadów prowadzonych w 25 krajach świata, których owocem była synteza opublikowana w Cambridge University Press i w ramach tej problematyki zorganizował trzynaście międzynarodowych sympozjów naukowych, w tym cztery w Polsce.
Jego zainteresowania naukowe koncentrowały się na ekologii ptaków, w szczególności roli ptaków w krajobrazie rolniczym oraz na epidemiologicznej roli ptaków dziko żyjących. Prowadził również badania nad ekologicznymi konsekwencjami dla środowiska i człowieka transformacji terenów rolnych w tereny zabudowy podmiejskiej.
Jan Pinowski jest członkiem honorowym American Ornithological Union i Zoologickiej Společnosti Słowacji, był wiceprezydentem XX Międzynarodowego Kongresu Ornitologicznego w Nowej Zelandii, członkiem Rady Naukowej Międzynarodowego Towarzystwa Ekologicznego INTECOL, członkiem kilku kapituł przyznających międzynarodowe nagrody naukowe.
Jego dorobek naukowy obejmuje 347 publikacji, w tym 178 naukowych i dziesięć książek. Zainicjował powstanie i był redaktorem czasopisma „International Studies on Sparrows”. Kierował Stacją Terenową Instytutu Ekologii PAN, Stacją Terenową PAN w Łomnej, Stacją Ornitologiczną Instytutu Zoologii PAN (1970–1973), kierował Zakładem Ekologii Kręgowców Instytutu Ekologii PAN (1980–2000). Za działalność na rzecz Gminy Łomianki ostał odznaczony złotą Odznaką Honorową „Za zasługi dla Warszawy”, odznaczony został też Złotym Krzyżem Zasługi oraz otrzymał Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski.
Od lat związany jest ze Stowarzyszeniem Bochniaków i Miłośników Ziemi Bocheńskiej, którego jest członkiem honorowym, działa w oddziale warszawskim Stowarzyszenia. Publikuje artykuły w „Wiadomościach Bocheńskich”. Współpracuje z Zarządem Głównym w sprawach ochrony ekologicznej.
